Soviel ich weiss, wurden alle Chars auf den neuen Server übertragen. Wenn deine jetzt fehlen, hast du wahrscheinlich etwas falsch gemacht. Hast du die Freelancer-Multiplayer-ID bei der alten installation ausgelesen und bei der neuen wieder eingegeben?
Bei jeder Neuinstallation von FL erhälst du eine "zufällige" Multiplayer-ID. Woher soll das installationsscript schliesslich wissen, dass du du bist. Oder dass du deine alten Chars erhalten möchtest? Wäre ja durchaus anders denkbar...